Durante el siglo XVIII, la información disponible sobre plantas y animales no europeos era a menudo incompleta, distorsionada o faltante. A pesar que las pinturas europeas de ese periodo representaban a los camélidos sudamericanos como animales de cuello largo, parecidos a jirafas con cuernos, o semejantes a camellos, venados o perros, Linneo describió a la alpaca con gran precisión como Camelus pacos (“Camelus peruvianus laniger Pacos dictus”), posicionándola junto a la llama Camelus lama (“Camelus peruvianus Glama dictus”), el dromedario Camelus dromedarius y el camello bactriano Camelus bactrianus en el género Camelus. Carlos Linneo no incluyó los camélidos sudamericanos silvestres en su clasificación porque el guanaco y la vicuña solamente fueron descritos años más tarde cuando P.L.S. Müller describió al guanaco como Camelus guanicoe en 1776 y J.I. Molina describió a la vicuña como Camelus vicugna en 1782.

La llama, la alpaca, el guanaco, la vicuña, el camello y el dromedario fueron clasificados dentro del mismo género (Camelus) hasta 1805. A partir de allí, los cuatro primeros fueron clasificados dentro del género Lama. En 1924, Miller separó la vicuña de los otros camélidos sudamericanos creando el género Vicugna. Esta clasificación indicaba que la alpaca, la llama y el guanaco eran parte de un grupo donde el guanaco sería la especie ancestral, mientras que la vicuña quedaba separada como una especie silvestre que nunca fue domesticada. Muchos científicos no aceptaron la creación de Vicugna, y siguieron clasificando la vicuña en el género Lama.

Aunque siempre ha sido aceptado que el guanaco es el ancestro de la llama, con el paso de los años se fueron dando una serie de hipótesis con relación a los orígenes de la alpaca. La más antigua, señalaba que la alpaca descendía de la vicuña y la llama descendía del guanaco y fue apoyado por Darwin entre otros. La segunda hipótesis, y la más difundida, sostenía que la alpaca y la llama descienden del guanaco y que la vicuña nunca fue domesticada.

Este debate solamente ha sido resuelto gracias al avance de la ciencia con las herramientas proporcionadas por el análisis de ADN que han permitido resolver la historia evolutiva de estas especies. La secuenciación del genoma completa de las cuatro especies deja claro que la alpaca es la forma doméstica de la vicuña y la llama es la forma doméstica del guanaco.

Extractos del
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Dr. Jane C. Wheeler.